1. Wgsim（Whole genome simulation）简介
wgsim是可用于高通量数据模拟的软件，可以模拟出illumina测序数据，并且可以自由调整测序reads的读长，插入片段大小以及错误率等， 是开发BWA等大牛Li heng编写的基因组转短序列的模拟软件。
2. Wgsim安装
# linxux git github
git clone https://github.com/lh3/wgsim.git
# 编译，成功后会生成名为wgsim的程序
gcc -g -O2 -Wall -o wgsim wgsim.c -lz -lm
# 查看帮助
wgsim -h
3. Wgsim生成双端(PE) fastq模拟数据
需要注意软件模拟出的reads质量值相同，且不支持Mate-pair文库。
# 参数说明：
# -e 碱基错误率，默认0.02
# -d reads两头的距离，即插入片段长度，默认250bp
# -s 插入片段的偏差，默认是50，即±50bp，插入片段长度并不是固定的
# -N 是测序的reads对的数量，默认1000000
# -1 reads1长度，默认70bp
# -2 reads2长度，默认70bp
# -r 突变率， 默认0.001
# -R indels的占比，默认0.15
# -X indels扩展的概率，默认0.3
# -A 模糊碱基百分比高于该数值则丢弃，默认0.05
# -h 设置为单倍体模式
# 150bp PE reads生成
wgsim -N 10000000 -1 150 -2 150 -d 500 -s 50 \
hg19.fa reads_150bp_1.fq reads_150bp_2.fq > /dev/null
# 150bp PE reads生成 + 碱基错误率和突变率参数
wgsim -N 10000000 -e 0.02 -r 0.001 -1 150 -2 150 -d 500 -s 50 \
hg19.fa reads_150bp_1.fq reads_150bp_2.fq > /dev/null
生成文件 3.3GB：
# 查看文件
less -S reads_150bp_1.fq
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