参考资料：https://cran.r-project.org/web/packages/agricolae/agricolae.pdf

1、plot()函数

        本次介绍的是Agricolae包中的plot.AMMI()函数。此函数可以绘制AMMI双标图，也可以绘制三标图（三个坐标轴，IPCA1，IPCA2，IPCA3），还可以对图表元素进行精细设置。使用格式如下：

plot(x,first=1,second=2,third=3,number=FALSE,gcol=NULL,ecol=NULL,angle=25,lwd=1.8,length=0.1,xlab=NULL,ylab=NULL,xlim=NULL,ylim=NULL,...)

其中：

x：AMMI对象，即使用AMMI()函数获得的对象。

first：x轴。0表示产量（或其他目标性状），1表示PC1，2表示PC2，3表示PC3。

second：y轴。0表示产量（或其他目标性状），1表示PC1，2表示PC2，3表示PC3。

third：z轴，0表示产量（或其他目标性状），1表示PC1，2表示PC2，3表示PC3。

number：显示基因型数据点以名称显示还是以数字序号显示。TRUE表示以数字形式显示。

gcol：基因型数据点的颜色。

ecol：环境数据点的颜色。

angle：箭头的尖锐角度。

lwd：线条的宽度。

length：线条的长度。

xlab：x轴标题。

ylab：y轴标题。

xlim：x坐标轴范围。

ylim：y坐标轴范围。

...：其他图形的通用设置。

案例如下：

# 加载agricolae包
library(agricolae)
# 加载数据集
data(plrv)
# 查看数据集
head(plrv)
# AMMI分析
model<-with(plrv,
            AMMI(Locality,Genotype,Rep,Yield))
# 绘制AMMI2双标图
plot(model)
# 绘制AMMI1双标图，并对坐标点颜色进行设置
plot(model,0,1,gcol="blue",ecol="green")

2、AMMI.contour()函数

        此函数用于绘制双标图的轮廓线，格式如下：

AMMI.contour(model, distance, shape,...)

其中：

model：是AMMI对象，即AMMI()函数的运行结果。

distance：轮廓线的半径（取值在0和1之间），当取值为1时，表示半径长度为离原点最远的基因型数据点的距离。其余取值表示此距离长度成以对应的比例。

shape：可以理解为轮廓多边形的边数。

# 接续使用上面的AMMI对象绘制轮廓图
# 先绘制双标图
plot(model)
# 再绘制轮廓
AMMI.contour(model,distance=0.7,shape=8,col="red",lwd=2,lty=5)