在Ubuntu系统中安装R语言并使用R Markdown

news2024/11/15 9:01:47

官方提供的R语言安装教程：全面的 R 存档网络 (tsinghua.edu.cn)

在安装之前先使用命令更新软件列表，命令中的 - qq 参数用于减少命令执行时的输出信息。

# update indices
sudo apt update -qq

安装依赖项：dirmngr（用于管理密钥）、gnupg（用于加密通信和签名验证）、apt-transport-https（允许apt通过HTTPS协议访问资源）、ca-certificates（CA证书，用于HTTPS连接）以及software-properties-common（用于添加和管理软件源）

sudo apt install dirmngr gnupg apt-transport-https ca-certificates software-properties-common

安装software-properties-common和dirmngr依赖包，通过使用 --no-install-recommends 选项可以不安装这两个包推荐的其他包。

# install two helper packages we need
sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr

使用wget从R项目的云服务器下载Michael Rutter的公钥，并使用tee命令将其追加到/etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc文件中，使系统信任CRAN的Ubuntu仓库。

# add the signing key (by Michael Rutter) for these repos
# To verify key, run gpg --show-keys /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc 
# Fingerprint: E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc

使用add-apt-repository将CRAN的Ubuntu仓库添加到系统的软件源列表中。$(lsb_release -cs)是一个命令替换，它会被替换为当前Ubuntu发行版的代号（如focal、groovy或bionic），以确保添加的软件源与当前系统兼容。

# add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"

输入命令安装R语言的基础包：

sudo apt install --no-install-recommends r-base

安装R语言构建包，安装后可以用于编译构建R包：

sudo apt install r-base-dev

在终端中输入一个大写的 R 来启动R语言交互模式

R语言交互模式启动成功

再查看下R包安装和导用有无异常，在交互模式中输入以下命令安装绘图用的R包ggplot2

install.packages("ggplot2")

接下来使用 library()函数来导入R包，并在交互模式中输出一组变量

library(ggplot2)

# 定义并一个变量
a <- c(1, 2, 3)
print(a)

导包及输出变量正常

如果需要制作技术文档、数据分析、实验报告、工作报告等等，个人推荐使用R Markdown。

R Markdown是一种结合了R代码、文本和结果展示的动态文档工具，它使得用户能够创建可重复、可交互和可发布的报告、演示文稿、网页等多种文档类型，R Markdown文档的源文件扩展名为.Rmd。在R Markdown文档中，用户可以直接嵌入R代码块，使用R语言进行数据处理、分析和可视化，代码块可以包含任何有效的R代码，并且可以在文档中的不同位置重复使用。

同时R Markdown支持多种输出格式，包括HTML、PDF、Word、Markdown等，它的编写方法和编写Markdown文档相似。

IDE推荐使用RStudio，画图与编写脚本都很方便。如果使用的VS Code可以下载以下插件：

R Debugger

插件安装后会在左侧任务栏生成图标

其中包括工作环境栏：

R包管理和帮助栏：

Markdown All in One(转换和预览markdown文档)

R Markdown All in One(转换和预览R Markdown文档)

在安装R Markdown之前先安装 Pandoc 用于处理Markdown文件格式

sudo apt install pandoc

在R鱼眼交互模式中输入命令安装rmarkdown包

install.packages("rmarkdown")

新建一个 test.rmd 文档，将以下内容复制进去

### hello world in R Markdown
```{r}
hello <- function(name) {
  paste("Hello", name)
}

hello("world")
```

#### 生成一组随机数
```{r}
set.seed(1)
x <- rnorm(100)
```

#### 绘制直方图
```{r}
hist(x)
```

#### 绘制散点图
```{r}
y <- rnorm(100)
plot(x, y)
```

```{r fig.width=6, fig.height=4}
plot(x, y)

```

编写完成后按快捷键 Ctrl+Shift+K 即可编译R Markdown文档为HTML文件或Word文档等格式，点开编译好的文件（我这里是.HTML文件），其中内容如下：