21. Lammps命令学习-6之read_data

news2025/1/12 15:48:52

来源: “码农不会写诗”公众号
链接:Lammps命令学习-6之read_data

read_data file keyword args …

  读取包含LAMMPS运行模拟所需信息的data文件
  https://docs.lammps.org/read_data.html


Syntax

read_data file keyword args ...

Description
读取包含LAMMPS运行模拟所需信息的data文件,该文件可以是ASCII文本文件或gzip压缩文本文件(.gz后缀,编译安装LAMMPS时需添加-DLAMMPS_GZIP以支持)。

read_data file keyword args ...
  • file = name of data file to read in
  • zero or more keyword/arg pairs may be appended
  • keyword = add or offset or shift or extra/atom/types or extra/bond/types or extra/angle/types or extra/dihedral/types or extra/improper/types or extra/bond/per/atom or extra/angle/per/atom or extra/dihedral/per/atom or extra/improper/per/atom or group or nocoeff or fix

此命令可以多次使用,通过使用addoffsetshift等关键词,向现有系统添加新的原子及其属性。需要注意的是:原子类型的数量和原子设置等在第一次 read_data命令之后被锁定,也就是说后续data文件中如type ID等数值不能超出第一个data文件所设置的值。

group关键词将data文件中的所有原子添加到指定的group(组)ID中,如果该group尚不存在,则会创建。通常在希望将原子集合放入不同组以便后续操作时非常有用,如气液固分组,这在后续分析不同相态行为时比较方便。

data文件参考以下两篇文章可以轻松生成,具体格式和含义以后有机会再分享。
利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-2
AutoRMA-MS模型转化为Lammps data文件

Example

read_data data.lj
read_data ../run7/data.polymer.gz
read_data data.protein fix mycmap crossterm CMAP
read_data data.water add append offset 3 1 1 1 1 shift 0.0 0.0 50.0
read_data data.water add merge group solvent

Default
所有额外关键词默认值为0


书山有路勤为径,学海无涯苦作舟。今天就到这里啦,拜了个拜~

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