专栏十七:如何选择你的单细胞亚群的分辨率--chooseR

news2024/9/22 1:20:14

好久没更,没想到还是有小伙伴订阅,那就更一个最近看到的问题

1.缘起

是因为在文章Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal cancer-associated fibroblasts in glioblastoma with protumoral effects(https://doi.org/10.1172/JCI147087.)中看到

也就是说这里的细胞分群resolution是有stability score的结果决定的,返回去看图

可以看到这里有一个reslution=0.3的稳定性最高

看一下sup figure,实际上作者在调整res=0.3以后,依然将细胞群进行了合并,也就是说这个所谓的"stability score"得到的分群结果要更为详细,依旧需要手动进行细胞群合并。如果我们自己分群,根据经验,第一次的大群res通常在0.1左右,个别大细胞数量数据甚至可以到0.05,所以实际上算法得到的res更大,理论上更容易有”技术性分群“,

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