在我出的Matlab相关内容下,常常有人问,有没有R语言版本,有没有Python版本,有没有Origin版本……
以前觉得,选择一个软件,然后用到极致,便足够了。
但实际工作后,发现大家都是哪个软件能解决问题就用哪个。
确实,小孩子才做选择,Matlab、R、Python……我全都要。
考虑到R语言是CNS顶刊文章中最常用的工具之一,那就先从他开始。
本期分享的是折线图的绘制模板,先来看一下成品效果:
特别提示:本期内容『数据+代码』已上传资源群中,加群的朋友请自行下载。有需要的朋友可以在公众号后台回复关键词【全家桶】查看加群方式。
1. 数据准备
此部分主要是读取原始数据,并进行绘图前的预处理。
# 加载库
library(readxl)
library(tidyr)
library(ggplot2)
# 修改工作路径
# setwd("D:/R")
# 读取数据
data <- read_excel("data_line.xlsx", col_names = FALSE)
# 将数据转换为数据框格式
data <- as.data.frame(t(data))
# 定义x值
x <- 1:8
data$x <- x
# 定义数据标签
names(data) <- c("Sample1", "Sample2", "Sample3", "Sample4", "x")
# 将数据转换为长格式
data_long <- data %>%
pivot_longer(cols = -x, names_to = "series", values_to = "value")
2. 颜色定义
作图不配色就好比做菜不放盐,总让人感觉少些味道。
但颜色搭配比较考验个人审美,需要多加尝试。
这里直接使用TheBestColors配色工具中的SCI顶刊配色:
library(TheBestColors)
map <- Best100(16)
CC <- map[c(1:4)]
获取方式:公众号(阿昆的科研日常)后台回复100
3. 折线图绘制
利用‘geom_line’函数,绘制初始折线图。
# 折线图绘制
p <- ggplot(data_long, aes(x = x, y = value, color = series, linetype = series)) +
geom_line(linewidth = 1.2) + # 绘制折线
scale_color_manual(values = CC) + # 折线颜色
scale_linetype_manual(values = c(4,6,1,5))+ # 折线线型(0-blank,1-solid,2-dashed,3-dootted,4-dotdash,5-longdash,6-twodash)
labs(x = 'Day', y = 'Weight change(%)') # 坐标轴标题
print(p)
4. 细节优化
为了插图的美观,对坐标轴细节等进行美化,并按期刊所需分辨率、格式输出图片。
# 细节调整
p+scale_x_continuous(breaks = seq(0, 9, 1), # x轴刻度线位置
expand = c(0,0), # x坐标轴与绘图区域边缘的扩展量
limits = c(0.8, 8.2) ) + # x轴显示范围
scale_y_continuous(breaks = seq(0, 60, 10), # y轴刻度线位置
expand = c(0,0), # y坐标轴与绘图区域边缘的扩展量
limits = c(0, 60)) + # y轴显示范围
theme_classic(base_size = 8) + # 设置基本字号为8pt
theme(
panel.grid.major.y = element_line(size = 0.5, linetype = 'solid', color = "gray"), # 开启y轴主网格线
axis.ticks = element_line(size = 0.5), #设置刻度线粗细与颜色
axis.ticks.length = unit(1.5, "mm"), # 设置刻度线的长度
legend.title = element_blank(), # 设置图例标题为空
legend.position = c(0.85, 0.85), # 设置图例位置
legend.key.width = unit(1.5, "cm"), # 设置图例线条的长度
legend.background = element_rect(size = 0.2,color = 'black',linetype = 'solid'), # 添加图例边框
axis.text = element_text(size = 10), # 设置坐标轴标签字号和颜色
legend.text = element_text(size = 10), # 设置图例文本字号
axis.title = element_text(size = 10), # 设置坐标轴标题字号
)
# 图片导出
ggsave("折线图.png", width = 12, height = 10, units = "cm", dpi = 600)
以上。