WisecondorX分析CNV,对每条染色的CNV loss和gain进行分组,对每个组求ratio平均值和zscore平均值,基于该数值对CNV进行质控和过滤,并对连续的CNV进行合并,获得可信的CNV。
WisecondorX基本使用方法以及npz文件转换和reference构建参考文章:
生信技能53 - wiseconrdoX自动化批量npz转换和reference构建
生信技能54 - WisecondorX多线程并行分析CNV
github: https://github.com/CenterForMedicalGeneticsGhent/wisecondorX
WisecondorX分析结果过滤和质控
import pandas as pd
import os
from pathlib import Path