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一、grep
（1）用文件查找
二、正则表达式
三、sed命令
四、awk命令
grep、sed、awk可以称作linux里的三驾马车
一、grep
grep：一种强大的文本搜索工具，它能使用正则表达式匹配模式搜 索文本，并把匹配的行打印出来
格式：grep [options] pattern file
常见参数：
-w：word 精确查找某个关键词 pattern
-c：统计匹配成功的行的数量
-v：反向选择，即输出没有匹配的行
-n：显示匹配成功的行所在的行号
-r：从目录中查找pattern
-e：指定多个匹配模式
【使用-i 忽略大小写，所以UTR也能被检测出来】
-f：从指定文件中读取要匹配的 pattern
-i：忽略大小写
（1）用文件查找
【首先创建一个文件，编辑文件】
【编辑好内容后，按Esc，退出编辑模式，然后按:wq退出并保存】
【在面板上输入命令】
【就可以按照文件里的内容查找啦~】
二、正则表达式
正则表达式：是对字符串操作的一种逻辑公式，就是用事先 定义好的一些特定字符、及这些特定字符的组合，组成一个 “规则字符串” ，这个“规则字符串”用来表达对字符串的 一种过滤逻辑。
【只输出查找的那一行，以W开头的那一行】
【找以‘）’结尾的行】
三、sed命令
sed：流编辑器，一般用来对文本进行增删改查
用法：sed [-options] 'script' file(s)
常见参数：
-n ：禁止显示所有输入内容，只显示经过sed处理的行(常用)
-e ：直接在命令模式上进行 sed 的动作编辑，接要执行的一个或 者多个命令
-f ：执行含有 sed 动作的文件
-r ：sed 的动作支持的扩展正则(默认基础正则)
-i ：直接修改读取的文件内容，不输出。
常见 'script' address ：
2 ∶第 2 行
2,4 ∶第 2 行到第 4 行
2,$ ∶第 2 行到最后一行，$ 表示最后
2~3 ∶从第 2 行开始，每隔 3 行取一行2、5、8
2,+4 ∶从第 2 行到 2+4 行
/pattern/ ：匹配上 pattern 的行
[!] ：表示否定，取反： '2 !' 表示除了第二行
常见 'script' command ：增删改查
a∶append，在指定行的后增加一行，内容为 a 的后面接的字串
【原文件】
【在第一行后添加‘hello word’】
i∶insert，在指定行的前增加一行，内容为 i 的后面接的字串
d∶delete，删除某一行或者某几行，也可以指定删除匹配上的行
c∶change，改变指定行的内容
s∶更改或替换字符串，使用格式为 's/pattern/new/[flags]' ，
把pattern替换成new，默认只替换一个，可以指定flags
y∶转换，实现字符一对一转换，格式 ‘y/abc/ABC/'
p∶print，把匹配或修改过的行打印出来，通常与–n参数合用
四、awk命令
awk：也称 gawk，编程语言，可对文本和数据进行处理
常见参数：-F，fields，设置字段分隔符；
用法：awk [options] '{script}'→ file
基础结构： ' {script} '
匹配结构： ' /pattern/{script} '
扩展结构： 'BEGIN{script} {script} END{script}
awk 在读取一行文本时，会用预定义的字段分隔符划分每个数据字段，并分配给一个变量。
● $0 代表整个文本行；
● $1 代表文本行中的第1个数据字段；
●……
● $NF 代表文本行中的最后一个数据字段
awk 默认的字段分隔符是任意空白字符（如：空格 or 制表 符），也可以用 -F 参数自定义分隔符
【这个是输出含有UTR的每一行】
【要注意是单引号还是双引号】
