简介
DICOM(Digital Imaging and Communications in Medicine)是医学图像和相关信息的国际标准。它定义了医学影像的格式和通信协议,使得不同设备和系统之间可以交换和共享医学图像和相关数据,如CT扫描、MRI图像、超声波图像等。
DICOM标准包含了多个部分,其中包括数据模型、文件格式、网络通信协议、图像存储和检索、安全性、服务类等方面的内容。DICOM文件通常以.dcm为扩展名,其中包含了医学图像数据以及与之相关的患者信息、设备信息、图像采集参数等。
具体操作
首先,安装程序所用到的库文件,如下所示:
Windows安装
pip install pynetdicom pydicom mysql-connector-python
直接在cmd里面运行这个命令就行。
Ubuntu安装
sudo apt install python3-pip
#采用国内源下载相关库文件
sudo pip install pynetdicom pydicom mysql-connector-python -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
sudo apt install python-is-python3
pynetdicom: pynetdicom 是一个用于实现 DICOM(Digital Imaging and Communications in Medicine)网络通信协议的 Python 库,提供了对 DICOM 标准中定义的各种服务类的支持,如存储服务类(Storage Service Class)、查询服务类(Query/Retrieve Service Class)、检索服务类(Modality Worklist Service Class)等。
pydicom: pydicom 是一个用于处理 DICOM 文件的 Python 库。它提供了读取、写入和操作 DICOM 文件的功能,可以解析DICOM文件的内容,并提取其中的图像数据、患者信息、设备信息等。
mysql-connector-python: mysql-connector-python 是一个用于连接和操作 MySQL 数据库的官方 Python 客户端库。
代码实现
from pynetdicom import AE, evt, build_role, StoragePresentationContexts
from pynetdicom.sop_class import PatientRootQueryRetrieveInformationModelFind, CTImageStorage
from pydicom.dataset import Dataset
import logging
import os
import mysql.connector
# 配置日志
logging.basicConfig(level=logging.DEBUG)
logger = logging.getLogger(__name__)
# 影像存放的基本路径
base_store_path = "D:/test/images"
def handle_store(event):
"""处理接收到的DICOM影像并保存到本地路径。"""
try:
dataset = event.dataset
dataset.file_meta = event.file_meta
# 为每个检查创建不同的存储路径
study_folder = os.path.join(base_store_path, dataset.StudyInstanceUID)
os.makedirs(study_folder, exist_ok=True)
filename = os.path.join(study_folder, f"{dataset.SOPInstanceUID}.dcm")
dataset.save_as(filename, write_like_original=False)
logger.info(f"存储DICOM图像: {filename}")
# 将DICOM标签信息存储到数据库
insert_into_db(dataset)
return 0x0000
except Exception as e:
logger.error(f"存储DICOM图像时出错: {e}")
return 0xC210
def insert_into_db(dataset):
"""将DICOM信息插入到MySQL数据库中。"""
try:
conn = mysql.connector.connect(
host='127.0.0.1',
user='root',
password='123456',
database='dicom'
)
cursor = conn.cursor()
# 在插入之前将PersonName类型的字段转换为字符串
patient_name = str(dataset.PatientName) if 'PatientName' in dataset else None
patient_id = str(dataset.PatientID) if 'PatientID' in dataset else None
study_instance_uid = str(dataset.StudyInstanceUID) if 'StudyInstanceUID' in dataset else None
sop_instance_uid = str(dataset.SOPInstanceUID) if 'SOPInstanceUID' in dataset else None
sql = """INSERT INTO dicom_images (StudyInstanceUID, SOPInstanceUID, PatientID, PatientName)
VALUES (%s, %s, %s, %s)"""
val = (study_instance_uid, sop_instance_uid, patient_id, patient_name)
cursor.execute(sql, val)
conn.commit()
logger.info(f"成功插入记录到数据库: {cursor.rowcount}")
except Exception as e:
logger.error(f"数据库操作失败: {e}")
finally:
if conn.is_connected():
cursor.close()
conn.close()
# 初始化应用实体(AE)和配置DICOM服务上下文
ae = AE(ae_title='lay')
ae.add_requested_context(PatientRootQueryRetrieveInformationModelFind)
ae.add_requested_context(CTImageStorage)
ae.supported_contexts = StoragePresentationContexts
# 创建C-STORE SCP的角色并启动服务
role = build_role(CTImageStorage, scp_role=True)
handlers = [(evt.EVT_C_STORE, handle_store)]
ae.start_server(('0.0.0.0', 104), evt_handlers=handlers)
logger.info("C-STORE SCP服务启动,准备接收DICOM图像。")
创建表
CREATE TABLE IF NOT EXISTS dicom_images (
id INT AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY,
StudyInstanceUID VARCHAR(255),
SOPInstanceUID VARCHAR(255),
PatientID VARCHAR(255),
PatientName VARCHAR(255),
ImagePath VARCHAR(255),
InsertedAt TIMESTAMP DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP
);
代码详解
配置日志
logging.basicConfig(level=logging.DEBUG)
logger = logging.getLogger(__name__)
这部分代码配置了Python的日志系统,设置了日志级别为DEBUG。这意味着DEBUG及以上级别(INFO, WARNING, ERROR, CRITICAL)的日志都会被记录。logger对象用于在脚本的不同部分记录日志消息。
设置基本路径
base_store_path = "D:/test/images"
定义了一个基础路径,用于保存接收到的DICOM影像文件。
C-STORE响应处理
def handle_store(event):
# 省略了具体实现
这个函数处理从DICOM服务器接收到的DICOM影像。它首先创建一个与影像StudyInstanceUID对应的文件夹,然后将DICOM文件保存到这个文件夹中。保存后,它调用insert_into_db函数将影像的部分信息插入到MySQL数据库中。
插入数据库
def insert_into_db(dataset):
# 连接到MySQL数据库
# 使用转换后的DICOM数据字段执行INSERT操作
这个函数负责将提取的DICOM信息插入到MySQL数据库中。为了避免类型不匹配问题,PatientName等字段在插入之前被显式转换为字符串类型。
初始化应用实体(AE)和启动服务
ae = AE(ae_title='lay')
ae.add_requested_context(PatientRootQueryRetrieveInformationModelFind)
ae.add_requested_context(CTImageStorage)
ae.supported_contexts = StoragePresentationContexts
role = build_role(CTImageStorage, scp_role=True)
handlers = [(evt.EVT_C_STORE, handle_store)]
ae.start_server(('0.0.0.0', 104), evt_handlers=handlers)
初始化一个AE对象,并为其设置一个AE标题(lay)。
添加所需的DICOM服务上下文,使其能够处理C-FIND和C-STORE请求。
通过build_role和start_server启动一个C-STORE SCP服务,该服务在本地机器上监听指定的端口(104),准备接收DICOM影像。
handlers列表定义了事件处理器,用于处理C-STORE相关事件。
运行截图
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