R语言绘制桑基图教程

news2024/7/4 5:27:32

原文链接：R语言绘制桑基图教程

写在前面

在昨天3月10日，我们在知乎、B站等分享了功能富集桑基气泡图的绘制教程。相关链接：NC|高颜值功能富集桑基气泡图，桑基气泡组合图。

富集桑基气泡图

确实，目前这个图在文章中出现的频率相对比较少，但是可能随着的代码的开放，此图会别大家玩出新花样，功能富集图可能会有不同的可视化方式，若你有好的想法，也可以在自己想到后进行实现，你可能成为此图的开山鼻祖。

做生物信息的，对图形的要求是比较高的，因此，需要不断的创新，不断的调整，不断的失败，更重要的是需要不断的思考。

因此，我们每天学习一点点，也就是一种进步；每天整理一下笔记，也算是一种总结。

本期教程图形

桑基图

绘制

导入所需的R包

library(tidyverse)
# devtools::install_github("davidsjoberg/ggsankey")
library(ggsankey)
library(ggplot2)
#install.packages("cols4all")
library(cols4all)
#BiocManager::install("dittoSeq")
library(dittoSeq)

导入数据

setwd("E:\\小杜的生信筆記\\2024\\20240311_桑基图绘制教程")

df <- read.csv("01_inputdata.csv",header = T)
head(df)

> head(df)
                 Pathway    geneID Freq
 Flavonoid biosynthesis   pmb0751    1
 Flavonoid biosynthesis pmp000571    1
 Flavonoid biosynthesis   mws0914    1
 Flavonoid biosynthesis   pme2960    1
 Flavonoid biosynthesis   pme1201    1
 Flavonoid biosynthesis   mws1068    1

转化格式

df2 <- df %>% make_long(Pathway, geneID)

##'@指定绘图显示顺序
df2$node <- factor(df2$node, levels = c(rev(unique(df$geneID)),
                                        rev(unique(df$Pathway))))

head(df2)

# A tibble: 6 × 4
  x       node                   next_x next_node
  <fct>   <fct>                  <fct>  <chr>    
1 Pathway Flavonoid biosynthesis geneID pmb0751  
2 geneID  pmb0751                NA     NA       
3 Pathway Flavonoid biosynthesis geneID pmp000571
4 geneID  pmp000571              NA     NA       
5 Pathway Flavonoid biosynthesis geneID mws0914  
6 geneID  mws0914                NA     NA

绘制基础图形

代码一

mycol3 <- sample(mycol3, length(mycol3)) 

##'@代码一
ggplot(df2, aes(x = x, next_x = next_x, node = node, next_node = next_node,
               fill = node, label = node)) +
  scale_fill_manual(values = mycol3)+
  
  geom_sankey(flow.alpha = 0.5, #条带不透明度
                  smooth = 7, #条带弯曲度
                  width = 0.18) + #节点宽度
  geom_sankey_text(size = 3.2, color = 'black') +
  theme_void() +
  theme(legend.position = 'none') #隐藏图例

ggsave("桑基图.jpg",width = 6, height = 4)

代码二

ggplot(df2, aes(x = x, next_x = next_x, node = node, next_node = next_node,
                fill = node, label = node)) +
  #设置
  geom_sankey(flow.fill="#DFDFDF",#连线颜色
              flow.alpha = 0.5, ## 条带透明度
              flow.color="grey60",#连线边框颜色
              #node.fill=dittoColors()[1:36],#节点颜色，[1:36]数值需要根据自己的数据进行修改
              width=0.2) + #node的宽度
  #设置桑葚图文字
  geom_sankey_text(size = 3,#文字大小
                   color= "black",#文字颜色
                   hjust=1) + #文字位置，右对齐
  theme_void()+
  #隐藏图例
  theme(legend.position = 'none') 

ggsave("桑基图02.jpg",width = 6, height = 4)