centos7 安装nnDetection环境

news2024/11/20 7:24:41

nnunet和nnDetection更新导致默认安装可能会出现无法调用GPU的问题,这里稍微细致的记录下安装nnDetection环境过程。

1.创建虚拟环境:

Please note that nndetection requires Python 3.8+. Please use PyTorch 1.X version for now and not 2.0

这里要求python3.8版本以上,pytorch1.0以上但不到2.0。综合考虑我选择python3.9:

conda create --name xxx python==3.9

2.在虚拟环境中安装pytroch。

Install CUDA (>10.1) and cudnn (make sure to select compatible versions!)

这里要求CUDA(>10.1)并且选择对应的cudnn。由于之前已经安装CUDA我先查看下本机CUDA版本:

(xxxxxxx) [xxxx@xxxxxxxxx ~]$ nvcc --version
nvcc: NVIDIA (R) Cuda compiler driver
Copyright (c) 2005-2020 NVIDIA Corporation
Built on Tue_Sep_15_19:10:02_PDT_2020
Cuda compilation tools, release 11.1, V11.1.74
Build cuda_11.1.TC455_06.29069683_0

满足要求的。

[Optional] Depending on your GPU you might need to set TORCH_CUDA_ARCH_LIST, check compute capabilit。

可选项,查看GPU的计算能力没有需求。

Install torch (make sure to match the pytorch and CUDA versions!) (requires pytorch >1.10+) and torchvision(make sure to match the versions!).

这里进一步将pytorch版本要求提升到pytoch1.10以上,并且要匹配CUDA版本。去官网查看发现只右有如下这条满足:

则安装这个版本的pytorch:

Collecting torch==1.10.0+cu111
  Downloading https://download.pytorch.org/whl/cu111/torch-1.10.0%2Bcu111-cp39-cp39-linux_x86_64.whl (2137.6 MB)
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━ 1.8/2.1 GB 6.4 kB/s eta 12:30:51
ERROR: Wheel 'torch' located at /tmp/pip-unpack-zyhz8qfc/torch-1.10.0+cu111-cp39-cp39-linux_x86_64.whl is invalid.

下载是失败了。但好像这种下载方式自带cu111了,那么我么是否可以下载自带cu102的版本呢。(不考虑cu12主要原因是本机nvidia驱动为NVIDIA-SMI 450.57       Driver Version: 450.57       CUDA Version: 11.0 )下面开始尝试:

则安装这个版本的pytroch:

(xxxxxxx) [xxxx@xxxxxxxxx ~]$ pip install torch==1.12.1+cu102 torchvision==0.13.1+cu102 torchaudio==0.12.1 --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cu102
Looking in indexes: https://pypi.org/simple, https://download.pytorch.org/whl/cu102
Collecting torch==1.12.1+cu102
  Downloading https://download.pytorch.org/whl/cu102/torch-1.12.1%2Bcu102-cp39-cp39-linux_x86_64.whl (776.4 MB)
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 776.4/776.4 MB 1.3 MB/s eta 0:00:00
Collecting torchvision==0.13.1+cu102
  Downloading https://download.pytorch.org/whl/cu102/torchvision-0.13.1%2Bcu102-cp39-cp39-linux_x86_64.whl (19.1 MB)
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 19.1/19.1 MB 1.5 MB/s eta 0:00:00
Collecting torchaudio==0.12.1
  Downloading https://download.pytorch.org/whl/cu102/torchaudio-0.12.1%2Bcu102-cp39-cp39-linux_x86_64.whl (3.7 MB)
     ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 3.7/3.7 MB 1.3 MB/s eta 0:00:00
Collecting typing-extensions (from torch==1.12.1+cu102)
  Downloading typing_extensions-4.9.0-py3-none-any.whl.metadata (3.0 kB)
Collecting numpy (from torchvision==0.13.1+cu102)
  Using cached numpy-1.26.2-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl.metadata (61 kB)
Collecting requests (from torchvision==0.13.1+cu102)
  Using cached requests-2.31.0-py3-none-any.whl.metadata (4.6 kB)
Collecting pillow!=8.3.*,>=5.3.0 (from torchvision==0.13.1+cu102)
  Using cached Pillow-10.1.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl.metadata (9.5 kB)
Collecting charset-normalizer<4,>=2 (from requests->torchvision==0.13.1+cu102)
  Using cached charset_normalizer-3.3.2-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl.metadata (33 kB)
Collecting idna<4,>=2.5 (from requests->torchvision==0.13.1+cu102)
  Using cached idna-3.6-py3-none-any.whl.metadata (9.9 kB)
Collecting urllib3<3,>=1.21.1 (from requests->torchvision==0.13.1+cu102)
  Using cached urllib3-2.1.0-py3-none-any.whl.metadata (6.4 kB)
Collecting certifi>=2017.4.17 (from requests->torchvision==0.13.1+cu102)
  Using cached certifi-2023.11.17-py3-none-any.whl.metadata (2.2 kB)
Using cached Pillow-10.1.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (3.5 MB)
Using cached numpy-1.26.2-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (18.2 MB)
Using cached requests-2.31.0-py3-none-any.whl (62 kB)
Downloading typing_extensions-4.9.0-py3-none-any.whl (32 kB)
Using cached certifi-2023.11.17-py3-none-any.whl (162 kB)
Using cached charset_normalizer-3.3.2-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (142 kB)
Using cached idna-3.6-py3-none-any.whl (61 kB)
Using cached urllib3-2.1.0-py3-none-any.whl (104 kB)
Installing collected packages: urllib3, typing-extensions, pillow, numpy, idna, charset-normalizer, certifi, torch, requests, torchvision, torchaudio
Successfully installed certifi-2023.11.17 charset-normalizer-3.3.2 idna-3.6 numpy-1.26.2 pillow-10.1.0 requests-2.31.0 torch-1.12.1+cu102 torchaudio-0.12.1+cu102 torchvision-0.13.1+cu102 typing-extensions-4.9.0 urllib3-2.1.0

安装成功pytroch1.12.1.下面尝试这个版本cuda是否可用:

Python 3.9.0 (default, Nov 15 2020, 14:28:56) 
[GCC 7.3.0] :: Anaconda, Inc. on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import torch
>>> torch.cuda.is_available()
True

如上所示可用,看来服务器没安装cuda可以在下载torch是可自带编译好的对应cuda版本来替代(不过可能还需要低于驱动显示的CUDA Version: 11.0 版本)

3.安装nndet框架

Clone nnDetection, cd [path_to_repo] and pip install -e .

(lungdoc) [pacs@localhost ~]$ git clone https://github.com/MIC-DKFZ/nnDetection.git
正克隆到 'nnDetection'...
remote: Enumerating objects: 1449, done.
remote: Counting objects: 100% (154/154), done.
remote: Compressing objects: 100% (65/65), done.
remote: Total 1449 (delta 119), reused 89 (delta 89), pack-reused 1295
接收对象中: 100% (1449/1449), 1.29 MiB | 1.72 MiB/s, done.
处理 delta 中: 100% (848/848), done.
(lungdoc) [pacs@localhost ~]$ cd nnDetection
(lungdoc) [pacs@localhost nnDetection]$ pip install -e .
Obtaining file:///home/pacs/nnDetection
  Preparing metadata (setup.py) ... done
...........................................
    RuntimeError:
    The detected CUDA version (11.1) mismatches the version that was used to compile
    PyTorch (10.2). Please make sure to use the same CUDA versions.
    
    [end of output]

note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.


其它安装库都没啥问题,但是在编译nms.cu时用到了安装在本地cuda版本。

为了不返工,我这里就在本机安装cuda10.2版本(虚拟环境中cu102应该值局限与可执行调用,要现场编译就不行了)下子cuda10.2和对应cudnn库。(本机上有安装包这里就不下载了)再次执行

还是报错无语了,再次查看其它系统老环境pytorch1.9.1,cuda11.1。 

再次卸载pytroch

torch                   1.12.1+cu102
torchaudio              0.12.1+cu102
torchvision             0.13.1+cu102

安装

torch                   1.12.1
再次编译还是报原来的错误如下图:

根据报错找到【BUG】关于Pytoch中CUDA扩展的本地安装 - 知乎这个攻略尝试下

##就是报了torch api中cloneable.h文件的错误,经过尝试,将cloneable.h文件中46行,58行,70行三句

copy->parameters_.size() == parameters_.size()

copy->buffers_.size() == buffers_.size()

copy->children_.size() == children_.size()
##分别改成

copy->parameters_.size() == this -> parameters_.size()

copy->buffers_.size() == this -> buffers_.size()

copy->children_.size() == this -> children_.size()
##保存后再次安装成功。

大佬牛啊,评论区大佬指出是有gcc版本过低导致的。本机gcc5.4也会报这个错。

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.coloradmin.cn/o/1302223.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈,一经查实,立即删除!

相关文章

Linux——Web网站服务(二)

一、httpd服务的访问控制 1、客户机地址限制 通过Require配置项&#xff0c;可以根据主机的主机名或P地址来决定是否允许客户端访问。在 httpd服务器的主配置文件的<Location>&#xff0c;<Directory>、<Files>、<Limit>配置段中均可以使用Require配置…

【SpringBoot教程】SpringBoot 实现前后端分离的跨域访问(CORS)

作者简介&#xff1a;大家好&#xff0c;我是撸代码的羊驼&#xff0c;前阿里巴巴架构师&#xff0c;现某互联网公司CTO 联系v&#xff1a;sulny_ann&#xff08;17362204968&#xff09;&#xff0c;加我进群&#xff0c;大家一起学习&#xff0c;一起进步&#xff0c;一起对抗…

分布式锁实现方案 - Lock4j 使用

一、Lock4j 分布式锁工具 你是不是在使用分布式锁的时候&#xff0c;还在自己用 AOP 封装框架&#xff1f;那么 Lock4j 你可以考虑一下。 Lock4j 是一个分布式锁组件&#xff0c;其提供了多种不同的支持以满足不同性能和环境的需求。 立志打造一个简单但富有内涵的分布式锁组…

云贝教育 | 分享课:12月12日周二晚Oracle分享课享来了

Oracle 19c OCM分享课分享主题: Introduction to Clusterware 讲师&#xff1a;郭一军 直播分享平台&#xff1a;云贝教育视频号 时间&#xff1a;12月12日 周二晚 19: 30

物联网平台:网络调试助手+HTTP+上传数据到onenet

目录 onenet设备初始化 获取设备id和密钥key 尝试上传数据&#xff0c;实例 onenet设备初始化 获取设备id和密钥key 进入官网 中移坤灵 - 中国移动物联网开放平台 (10086.cn)https://open.iot.10086.cn/ 创建登录账号后&#xff0c;点击左上角的开发者中心 点击左上角的全…

ARP协议:地址解析协议

目录 引言 什么是ARP协议&#xff1f; ARP协议的工作原理 1. ARP请求 2. ARP应答 3. ARP缓存 ARP协议的应用 结语 其他链接 引言 在计算机网络中&#xff0c;地址解析协议&#xff08;ARP&#xff0c;Address Resolution Protocol&#xff09;扮演着重要的角色。ARP协议…

I2C 应用编程

1. I2C 框架结构 1.1 I2C 硬件框架 I2C 总线拓扑图 ⚫ 在一个芯片 (SoC) 内部&#xff0c;有一个或多个 I2C 控制器 ⚫ 在一个 I2C 控制器上&#xff0c;可以连接一个或多个 I2C 设备 ⚫ I2C 总线只需要 2 条线&#xff1a;时钟线 SCL 、数据线 SDA ⚫ 在 …

tamcat乱码

学习springmvc时tamcat乱码 ①、启动时tomcat控制台乱码 解决方法是&#xff1a;1、先把idea设置里的默认字节码改成utf-8 ​ 2、把idea显示编码改成utf-8&#xff0c;在末尾加上&#xff08; -Dfile.encodingUTF-8&#xff09; ​ 3、最后重启idea 加上这个 -Dfile.encodingU…

外贸获客怎么做?有哪些技巧?

外贸获客是许多企业拓展海外市场的关键一环&#xff0c;为了成功地吸引潜在客户&#xff0c;我们需要了解一些基本的获客技巧&#xff0c;本文将分享一些实用的方法和技巧&#xff0c;帮助您在外贸领域获得更多的客户。 一、了解目标客户 在开展外贸业务之前&#xff0c;了解…

保研毕业论文查重率多少通过【保姆教程】

大家好&#xff0c;今天来聊聊保研毕业论文查重率多少通过&#xff0c;希望能给大家提供一点参考。 以下是针对论文重复率高的情况&#xff0c;提供一些修改建议和技巧&#xff1a; 保研毕业论文查重率多少通过 在保研过程中&#xff0c;毕业论文的查重率是衡量学术诚信和论文…

【Maven教程】(十二):版本管理 ——版本号定义约定及相关概念,自动化版本发布与创建分支,GPG签名 ~

Maven 版本管理 1️⃣ 版本管理的概念2️⃣ Maven 的版本号定义约定3️⃣ 主干、标签与分支4️⃣ 自动化版本发布5️⃣ 自动化创建分支6️⃣ GPG签名6.1 GPG 及其基本使用6.2 Maven GPG Plugin &#x1f33e; 总结 一个健康的项目通常有一个长期、合理的版本演变过程。例如JUn…

Vue H5项目,怎么引入uni.webview sdk,调用uni postMessage实现手机蓝牙连接打印功能(uniapp)

前言 目前公司Vue H5项目&#xff0c;用webview打包成APP&#xff0c;现产品提出这样打包出来的app运行较慢&#xff0c;需要用uniapp方式&#xff08;即使用HBuilder编辑器来打包H5&#xff09;来打包&#xff0c;那需要的基座就不是安卓的基座而是uniapp的基座&#xff0c;而…

如何通过内网穿透工具实现任意浏览器远程访问Linux本地zabbix web管理界面

前言 Zabbix是一个基于WEB界面的提供分布式系统监视以及网络监视功能的企业级的开源解决方案。能监视各种网络参数&#xff0c;保证服务器系统的安全运营&#xff1b;并提供灵活的通知机制以让系统管理员快速定位/解决存在的各种问题。 本地zabbix web管理界面限制在只能局域…

GD32F30X-RT-Thread学习-线程管理

1. 软硬件平台 GD32F307E-START Board开发板MDK-ARM Keil 2.RT-Thread Nano 3.RT-Thread 内核学习-线程管理 ​ 在多线程操作系统中&#xff0c;可以把一个复杂的应用分解成多个小的、可调度的、序列化的程序单元&#xff0c;当合理地划分任务并正确地执行时&#xff0c;这…

我的acer电脑U盘装系统前BIOS设置及装系统过程中的操作

1、开机长按F2进入BIOS设置 2、使能F12 3、调整boot顺序&#xff0c;使USB启动的优先级最高 4、按F10保存退出 5、插入U盘开机&#xff0c;boot选择界面无需操作&#xff0c;等待几秒&#xff0c;默认进入U盘系统 由于既使能了F12&#xff0c;又将U盘的优先级进调整到了最高&…

三层交换原理

三层交换机出现的背景 早期的网络中一般使用二层交换机来搭建局域网&#xff0c;而不同局域网之间的网络互通由路由器来完成。那时的网络流量&#xff0c;局域网内部的流量占了绝大部分&#xff0c;而网络间的通信访问量比较少&#xff0c;使用少量路由器已经足够应付了。 但…

鸿蒙生态千帆起:从者众,行则远

“轻舟已过万重山”&#xff0c;鸿蒙的成长速度惊人&#xff0c;一定程度上打破了iOS和安卓二分天下的格局。短短四年时间&#xff0c;搭载华为鸿蒙系统的生态设备数已经突破7亿&#xff0c;开发者突破220万。据Counterpoint数据显示&#xff0c;华为HarmonyOS系统在中国的市场…

钓鱼网站域名识别工具dnstwist算法研究

先上一个AI的回答&#xff1a; dnstwist是一种钓鱼网站域名识别工具&#xff0c;可帮助用户识别和检测可能被恶意使用的域名。它通过生成类似的域名变体来模拟攻击者可能使用的钓鱼域名&#xff0c;并提供了一系列有用的功能和信息。 dnstwist能够生成一组类似的域名变体&…

Linux基础指令(2)

今天我们继续来学我们有关于Linux的指令&#xff0c;今天的指令要比上次多多了。开始我们的学习吧。 man手册 先来看标题&#xff0c;手册我们第一时间想到的就是手册的查阅功能&#xff0c;我们都知道在我们上小学的时候&#xff0c;如果遇到不会的字&#xff0c;我们会通过…

淘宝1688京东解析商品详情方法丨API接口指南及相关文档说明

要解析淘宝、1688和京东的商品详情&#xff0c;可以按照以下步骤进行&#xff1a; 获取API接口权限&#xff1a;首先&#xff0c;需要在对应的平台上申请API接口权限。这通常涉及到注册开发者账号&#xff0c;创建应用&#xff0c;并获取App Key和App Secret。编写API请求代码…