InnoDB 和 MyISAM 底层都是 B+ 树的实现，但是二者却完全不同 。

主键索引文件存储不同

MyISAM 引擎的索引文件和数据文件是分离的，而 InnoDB 引擎的索引文件和数据文件是不分离的。
MyISAM 引擎的叶子节点存储的是数据文件的地址，而 InnoDB 的叶子节点是既存储了索引文件，也存储了数据文件。

MyISAM 中的主键索引存储结构图：

InnoDB 中的聚簇索引存储结构图：

InnoDB 中的主键索引，查询效率要比 MyISAM 快

        InnoDB 主键索引，叶子节点存储了整表数据，在执行查询操作时，InnoDB 只需要查一次就能拿到数据记录；而 MyISAM 主键索引的叶子节点只是存储了数据文件的地址，它在执行查询操作时，需要先查询出数据文件的地址，然后再根据地址拿到数据记录，所以 MyISAM 需要查询两次。

辅助索引不同

• InnoDB 中的辅助索引（非聚簇索引），叶子节点存储的是聚簇索引；
• MyISAM 中的辅助索引（普通索引），叶子节点仍然存储数据文件的地址。

MyISAM 中的辅助索引存储结构图（和上面是一样的）：

InnoDB 中的辅助索引存储结构图：

InnoDB 中的辅助索引，查询效率比 MyISAM 慢

        InnoDB 辅助索引，叶子节点存储的是主键聚簇索引，因此它需要先查询到聚簇索引，然后再进行回表查询，去聚簇索引中拿到数据记录；而 MyISAM 辅助索引，叶子节点仍然存储的是数据文件的地址，它虽然也需要查两次，但是它第二次查询要比 InnoDB 中的回表查询要快。