【医学影像处理】基于MRIcron的dcm2nii批量dcm转nii格式

news2025/1/31 2:47:18

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MRIcron介绍

MRICron是一款用于处理磁共振成像（MRI）数据的免费开源软件工具。它是一个功能强大的图像处理程序，主要用于可视化、分析和处理医学影像数据别是MRI数据。界面如下：
在这里插入图片描述

除了查看医学图像，MRIcron也有将dcm格式转nii的功能并且支持图形界面转换和命令行转换

图形界面如下：

点击import->convert DICOM to NIFTI进入图形界面
在这里插入图片描述

命令行使用

在window上，下载好MRIcron后，安装包的Resources目录下会有一个dcm2nii.exe程序，打开window命令行窗口（cmd），转到有dcm2nii.exe的路径下（必要）即可在命令行窗口使用dcm2nii命令，命令行如下：

dcm2niix.exe -f "outputfilename" -i y -l y -p y -x y -v y -z y -o "E:\datasets" "c:\DicomDir"

在这里插入图片描述
其中，"E:\datasets"是输入nii文件的目录，"c:\DicomDir"是输入dicom的目录，“outputfilename” 是输出nii.gz的文件名。

在Linux上需要先安装dcm2nii

sudo apt-get install dcm2niix

运行命令

dcm2niix -o /path/to/output_folder /path/to/dicom_folder

-o 用于指定输出文件夹。
/path/to/output_folder 是您希望保存NIfTI文件的文件夹路径。
/path/to/dicom_folder 是包含DICOM文件的文件夹路径。

使用dcm2nii.exe批量转换

1、生成路径txt文件
因为是要批量自动的处理文件，因此必须知道每个样本的路径，这里的路径如果是递归的存放在子文件下面的话，只需要读到第一个就行，比如从ADNI上下载的数据是使用子文件命名的形式存储患者信息，如图，我们只需要读到subjectID（就是ADNI的下一个路径）就行，并不需要读到I249535
在这里插入图片描述

# 当前目录下所有文件夹下的文件名(不带后缀)写入对应txt文件(以文件夹命名)中
import os

# 指定包含所有样本文件夹的根目录
root_folder = r"E:\ADNITest\EMCI\ADNI"  # 修改为你的根目录路径

# 指定保存路径的文本文件
output_txt_file = r"E:\ADNITest\EMCI\EMCI.txt"  # 修改为你希望保存路径的文本文件路径


# 打开文本文件以写入样本路径
with open(output_txt_file, "w") as f:
    # 遍历根目录下的所有样本文件夹
    for subject_folder in os.listdir(root_folder):
        subject_folder_path = os.path.join(root_folder, subject_folder)

        # 确保当前路径是一个目录
        if os.path.isdir(subject_folder_path):
            # 将样本文件夹的路径写入文本文件
            f.write(subject_folder_path + "\n")

2、批处理
在批处理之前，需要将dcm2nii.exe程序放到项目里面

import sys  # 导入sys模块
import os

d2n = 'dcm2niix.exe -f '
para = ' -i y -l y -p y -x y -v y -z y -o '
output_path = "E:\ADNITest\EMCI\EMCI"


# read txt
filepaths = []
for line in open("E:\ADNITest\EMCI\EMCI.txt", "r"):  # 设置文件对象并读取每一行文件
    filepaths.append(line)
# deal with format transform
for filepath in filepaths:
    filepath = filepath[:-1]  # 去掉行位的换行符
    outputname = filepath[22:] # 命名，这里直接从路径里面取，因为我的路径里面包含subjectID，需要根据实际情况调整
    # print(filepath[22:])
    # 运行cmd命令
    cmd = d2n + outputname + para + '\"' + output_path + '\" ' + '\"' + filepath + '\"'  # 其中的双引号不可少
    os.system(cmd)
print("Congratulation, Done!")