RStudion | 基础使用教程 | 基本设置 | 快捷操作 | 脚本运行 | 画图
- 一、RStudio界面布局
- 二、RStudio基础设置
- 2.1 general | 常规设置
- 2.2 Code | 代码
- 2.3 Console | 控制台
- 2.4 Appearance | 外观
- 2.5 Pane Layout | 排版布局
- 2.6 Packages | R包
- 2.7 R Markdown
- 2.8 Python
- 2.9 Sweave | R编译函数
- 2.10 Spelling | 拼写检查
- 2.11 Git/SVN
- 2.12 Publishing
- 2.13 Terminal | Accessibility
- 三、RStudio快捷操作
- 四、RStudio脚本运行
- 4.1 R包加载
- 4.2 R包查询和使用
- 4.3 脚本编写、记录及运行
- 五、RStudio图形绘制
一、RStudio界面布局
在之前的文章中介绍过R及RStudio的安装、更新等基础内容，内容如下：
- 新手安装可参考：R | R及Rstudio安装、运行环境变量及RStudio配置
- R | Rstudio安装 |Rstudio空白及显示无法访问此网站
- R包安装参考：R: R package安装的几种方式
- R版本更新及R包迁移参考：R: R版本更新及R包迁移（详细步骤）
本篇则主要介绍R语言的常用编辑器RStudio，在安装RStudio并打开后，界面如图1所示。
图1 RStudio默认分布排版
但通常情况，我们利用RStudio来编写和记录脚本，故可按照“File——New File——R Script”（图2）的顺序添加R脚本窗口，添加后的窗口布局如图3。
图2 RStudio创建R脚本文件
图3 RStudio常规分布排版
二、RStudio基础设置
关于RStudio的基础参数设置，可以在“Tools——Global Options”（图4）中找到。
图4 RStudio基础设置
2.1 general | 常规设置
RStudio常规设置中主要包括（图5）:
- R版本更改；
- 工作路径设置；
- 新打开RStudio内容（程序+源文件）设置;
- .RData数据保存设置；
- 选项卡之间的快捷切换；
- RStudio更新及内容报告。
图5 RStudio常规设置
注:
在打开RStudio之前，利用“ctrl + 点击RStudio图标”快捷键也可以进行R版本的选择。
2.2 Code | 代码
RStudio代码设置中主要包括（图6）:
- 代码缩进量、自动补齐等代码风格设置；
- 代码及符号等的高亮显示设置；
- 文件保存及编码设置；
- 代码补齐参数设置；
- 代码诊断参数显示设置。
图6 RStudio代码设置
注:
“Ctrl + 单击链接”，可在默认浏览器中打开编辑器中的链接。
参考:
RStudio设置选项(全)——2. Code
2.3 Console | 控制台
RStudio控制台设置中主要包括（图7）:
- 代码显示及输出元素设置；
- 报错内容设置。
图7 RStudio控制台设置
注:
“options(max.print=num) ”可以修改元素的显示数量。
2.4 Appearance | 外观
RStudio外观设置中主要包括（图8）:
- 主题设置；
- 代码字体设置。
图8 RStudio外观设置
注:
“R包rsthemes ”可以对RStudio主题进行修改设置。
2.5 Pane Layout | 排版布局
RStudio排版布局设置中主要包括（图9），对应于图3:
- 脚本文件窗口内容；
- 控制台窗口设置；
- 环境变量、历史等窗口；
- 文件、绘图输出等窗口。
图9 RStudio排版布局设置
脚本文件（source）窗口（图10），主要用于打开不同类型的脚本文件（.R、.rmd、.py等）。可同时打开多个活动文件，并对代码命令进行编辑。
图10 RStudio source窗口
控制台（console）窗口（图11），主要用于执行代码命令、提供后台运行R脚本功能。
图11 RStudio source窗口
环境变量（environment）窗口（图12-13），包括Environment、History、Connections、Build、Version Control System (VCS)及Tutorial选项卡。
此处仅列出Environment（查看变量及对象）、History（显示已执行命令行，可对其进行加载、保存和删除）及Tutorial（教程） 选项卡包含内容。
图12 RStudio 环境变量及历史记录窗口
教程选项卡（图13），首次安装R后，此处会提醒需要安装R包 “shiny”及“learner”，按照提示点击链接安装即可。
安装完成后即可打开对应内容进行查看，R包安装及示例如下（图13）。
图13 RTutorial窗口
文件输出（File）窗口（图14），包括Files, Plots, Packages, Help, Viewer和Presentation选项卡。
此处仅列出Files（工作路径及当前路径下的文件内容）、Plots（绘图显示）及Packages（R包安装及更新） 选项卡包含内容。
图14 RStudio 文件、绘图、R包及帮助文档窗口
2.6 Packages | R包
RStudio Packages设置中主要包括（图15）:
- R包管理；
- R包创建。
R包下载安装的镜像源也可以通过以下代码直接进行查看和修改：
# R包当前镜像源查看
> getOption("repos")
CRAN
"https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"
attr(,"RStudio")
[1] TRUE
# R包 CRAN镜像源修改
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))
# R包 bioconductor（生物信息相关R包）镜像源修改
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
图15 RStudio Packages设置
官方介绍：
- Managing Packages with the RStudio IDE
- Secure Package Downloads for R
- How to Get Consistent Line Breaks in vs Code (LF vs CRLF)
其他相关内容：
- R: R package安装的几种方式
- R: R版本更新及R包迁移（详细步骤）
- R | R包默认安装路径的查看及修改
- 第 2 章 安装与环境配置
2.7 R Markdown
R Markdown 是一种用 R 制作动态文档的文件格式（.Rmd）。R Markdown 文档是用 markdown（一种易于书写的纯文本格式）编写的，其中包含嵌入式 R 源代码块、输出结果及图形展示等。方便同行之间进行交流，可以转换为HTML、PDF及Word等多种格式的报告文件。
RStudio R Markdown设置中主要包括（图16）:
- .Rmd格式文件基础参数设置；
- .Rmd格式文件可视化等参数设置。
图16 RStudio R Markdown设置
相关介绍：
- R Markdown from RStudio
- Exploring RStudio’s Visual Markdown Editor
- R Markdown Tips: Code, Images, Comments, Tables, and more
- Visual R Markdown-Line Wrapping-References
- R Markdown integration in the RStudio IDE
- Untoggle inline output in RMarkdown in RStudio
- R Notebooks-inline output-chunks in directory
- The working directory for R code chunks
- Automatic execution of setup chunk in Rmd
2.8 Python
图17 RStudio Python设置
2.9 Sweave | R编译函数
RStudio Sweave设置中主要包括（图18）:
- PDF生成参数设置；
- R包创建。
图18 RStudio Sweave设置
官方介绍：
- Using Sweave and knitr
2.10 Spelling | 拼写检查
RStudio Spelling设置中主要包括（图19）:
- RStudio词典选择设置；
- 拼写检查参数设置。
图19 RStudio Spelling设置
2.11 Git/SVN
RStudio Git/SVN设置中主要包括（图20）:
- Git/SVN可执行文件位置的设置；
- SSH密钥与GitHub的链接。
图20 RStudio Spelling设置
2.12 Publishing
RStudio Publishing设置中主要包括（图21）:
- 发布账户及相关证书内容设置。
图21 RStudio Publishing设置
相关介绍：
- Publishing to an RStudio Connect Server with a Self-Signed or Untrusted SSL Certificate
2.13 Terminal | Accessibility
相关介绍：
- Using the RStudio Terminal in the RStudio IDE
- Accessibility
三、RStudio快捷操作
| 快捷操作 | 描述 |
|---|---|
| ? | 查询帮助文档 |
| tab键 | 显示所有的代码补全选项 |
| alt + shift + k | 打开快捷方式面板 |
| ctrl + 左键点击链接 | 默认浏览器打开该链接；跳转该链接路径下的文件内容 |
| ctrl + enter | 运行选中代码命令行 |
| ctrl + tab | 在打开的选项卡之间切换 |
| ctrl + alt + c | 复制文件地址 |
| ctrl + alt + p | 重新运行上次的命令 |
| ctrl + shift + enter | 运行所有代码行命令 |
| ctrl + Shift + C | 批量注释/取消注释 |
| ctrl + Shift + H | 打开一个弹出窗口并选择工作目录 |
| ctrl + Shift + M | 管道工具（％>％） |
| ctrl + Shift + P | 显示命令面板 |
| ctrl + 点击RStudio图标 | R版本的选择 |
| rm() | 删除环境变量中特定数据集、函数等内容 |
| rm(list()) | 删除环境变量中特定数据集、函数等内容 |
| gc | 清除内存 |
| ctrl+L | 清除控制台中输出内容 |
| load | 加载已保存的工作空间.RData |
| options(max.print=num) | 可以修改输出元素的显示数量 |
| ---- | 添加标题显示 |
| # | 通过不同“#”表示标题级别 |
图22 标题显示设置
四、RStudio脚本运行
4.1 R包加载
- 通过函数 “library()” 或 “require()” 加载R包
> library(dplyr)
载入程辑包：‘dplyr’
The following objects are masked from ‘package:stats’:
filter, lag
The following objects are masked from ‘package:base’:
intersect, setdiff, setequal, union
> require(R包名称)
- 通过RStudio文件窗口中的 “packages” 窗格勾选对应R包
图23 R包加载
4.2 R包查询和使用
- 通过 “.libPaths()”函数查询R包的安装路径，如下所示：
> .libPaths()
[1] "C:/Users/hp/AppData/Local/R/win-library/4.3"
[2] "D:/Program Files/R/R-4.3.1/library"
- 通过 “available.packages()”函数查询所用电脑可以安装的R包，如下所示：
> available.packages()
Package Version
A3 "A3" "1.0.0"
AalenJohansen "AalenJohansen" "1.0"
AATtools "AATtools" "0.0.2"
- 通过 “library()” 或 “installed.packages()” 函数查询所有路径下安装的R包，如下所示：
> library()
> installed.packages()
Package LibPath Version
askpass "askpass" "C:/Users/hp/AppData/Local/R/win-library/4.3" "1.2.0"
backports "backports" "C:/Users/hp/AppData/Local/R/win-library/4.3" "1.4.1"
base64enc "base64enc" "C:/Users/hp/AppData/Local/R/win-library/4.3" "0.1-3"
- 通过 “search()” 或 “(.packages())” 函数查询目前已加载的R包，如下所示：
> search()
[1] ".GlobalEnv" "package:dplyr" "tools:rstudio" "package:stats"
[5] "package:graphics" "package:grDevices" "package:utils" "package:datasets"
[9] "package:methods" "Autoloads" "package:base"
> (.packages())
[1] "dplyr" "stats" "graphics" "grDevices" "utils" "datasets" "methods"
[8] "base"
- 通过 “sessionInfo()” 函数查询已安装R包版本，如下所示：
> sessionInfo()
R version 4.3.1 (2023-06-16 ucrt)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 11 x64 (build 22621)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.utf8 LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.utf8
[3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.utf8 LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.utf8
time zone: Etc/GMT-8
tzcode source: internal
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] dplyr_1.1.3
loaded via a namespace (and not attached):
[1] digest_0.6.33 utf8_1.2.3 R6_2.5.1 fastmap_1.1.1
[5] tidyselect_1.2.0 xfun_0.40 magrittr_2.0.3 glue_1.6.2
[9] tibble_3.2.1 knitr_1.44 pkgconfig_2.0.3 htmltools_0.5.6
[13] generics_0.1.3 rmarkdown_2.25 lifecycle_1.0.3 cli_3.6.1
[17] fansi_1.0.4 vctrs_0.6.3 rsconnect_1.1.1 compiler_4.3.1
[21] rstudioapi_0.15.0 tools_4.3.1 pillar_1.9.0 evaluate_0.21
[25] yaml_2.3.7 rlang_1.1.1
- 通过 “help()”函数对R包的函数功能进行查询，如下所示：
help(package="R包名称")
- 通过 “help()”函数对特定函数属于哪个R包进行查询，如下所示：
help("函数名")
- 通过 “detach(“package:R包名称”)”卸除（取消加载）已加载的R包，如下所示：
detach("package:R包名称")
- 通过 “remove.packages()”函数卸载R包，如下所示：
remove. packages(c(“R包名称1”,”R包名称2”) , lib = file .path(“输入R包安装路径”, “to”, “library”))
- 通过 “update.packages()”函数更新R包，如下所示：
update.packages()
4.3 脚本编写、记录及运行
- 脚本编写及记录
通常情况下，可以在《脚本文件窗口》及《控制台》直接输入代码命令，但当运行部分代码命令后，可以在《环境变量窗口、历史》中将运行过的特定代码命令输入到《脚本文件窗口》或《控制台》窗口中，并进行再次运行及保存。
图24 代码行运行操作
- 脚本运行
- 选择需要运行的单行或多行代码，通过 Ctrl + Enter 键或点击 Source 窗口标题栏的 “Run” 按钮。
图25 代码行运行命令
- 运行某一段代码后，通过 ctrl + alt + p 键，可重新运行上一次运行的单行或多行代码命令。
- 执行所有命令行，通过 Ctrl + Shift + Enter 键 或使用标题栏上的 Source 按钮。
图26 所有代码行运行命令
五、RStudio图形绘制
在R安装路径无中文的情况下，运行代码绘图，会在右下角文件窗口的plot窗口中显示绘制图形，如图27。
图27 plot绘图窗口展示
但当路径下有中文时，RStudio则不显示绘制图形，可通过 “dev.new()” 来创建一个新的图形窗口进行展示，并用 “dev.off()” 关闭创建的图形窗口。
参考内容：
- Learning R Online
- Customizing the RStudio IDE
- 房子下面一头猪（详细）-RStudio入门教程
- R语言初级教程(02): RStudio的使用
- R语言：从基础到进阶
- R的安装与配置
